このギクシャクの原因は?

確かにどんな時でも二人の時間を大切にしていきたいという気持ちはわかりますし、お互いにそのつもりでいるでしょう。
ですが、人間誰でも心や身体に疲労が溜まっている時には、いつもと同じようにというわけには行きません。
些細なことでイライラしてしまったり、いつもは気にならない言動が鼻についてしまったり、それがわかっているのに一緒にいることばかりこだわっていては、気まずくなってしまって当たり前です。
なるべく仲良く付き合っていくためには?

二人で仲良くしたいからこそ、今はダメだなと感じた時には心が大丈夫な状態になるまで顔を合わせないようにすることです。
寂しく感じてしまうでしょうが、一緒にいてもイライラが募ってしまう状況では意味がありません。
コミュニケーションは返信に時間をおけるメールやラインといった文字ツールをメインにするなど、工夫をしましょう。
あなたが今できること

まず忙しい時こそ、相手の状況をよく理解してあげるようにしてください。
意識をして気遣ったり優しい言葉をかけて労わるようにしてあげれば、彼からもあなたに同じように言葉をもらえて気持ちが癒されます。
ギクシャクしているのは、お互いにそうした心遣いが少し欠けてしまっているからです。
忙しいのは仕方がありませんが、相手を思いやる気持ちを忘れないようにしてくださいね。
ワンポイントアドバイス
忙しいことを何でもないことのように振る舞っても、結局いつものように穏やかな空気になれないのであれば、バタバタしていて疲れていることに愚痴を言い合うもいいですし、正直に余裕がないからしばらく会わないほうがいいと告げてもいいのです。
一緒にいることだけがお互いを繋ぎとめる方法ではありませんよ。

一人で充電をしてベストなコンディションになったら、思いっきり相手に甘えてイチャイチャすればいいのです。
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